GATA Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Kliniği, Genelkurmay Başkanlığı'nın emri ile 2 Şubat 1957'de kuruldu. Prof.Tbp.Yb.Haydar DİNÇER, kliniğin kurucusu olup, 1958-1960 yılları arasında klinik direktörlüğünü yürütmüştür. Klinik 1960-1967 yılları arasında, başasistan ve sonra müşavir uzman olan Tbp.Alb. Alaattin ASMAZ tarafından yönetildi. 1967 yılında  Prof.Tbp.Alb. Haydar DİNÇER yeniden klinik direktörü olarak göreve başladı. 1970 yılında Tuğgeneralliğe yükselen Prof.Tbp.Kd.Alb. Haydar DİNÇER, bu görevi, emekli olduğu 1980 yılına kadar sürdürdü.

1980 yılında Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Kliniği, GATA'da yeni inşa edilen Çocuk Hastalıkları binasına taşınmış ve halen görevini Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları AD. olarak bu binada sürdürmektedir.

 Klinik direktörlüğüne 1980 yılında Prof.Tbp.Kd.Alb. Şakir TANINDI atanmış, 1981 yılında GATA Askeri Tıp Fakültesi'nin kurulması ile Anabilim Dalı Başkanı olmuştur. GATA Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Başkanlığı, 30 Ağustos 1990'da Tuğgeneralliğe yükselen Prof.Tbp.Tuğgeneral Şakir TANINDI tarafından 30 Ağustos 1995 tarihine kadar yürütülmüştür.

  Prof.Tbp.Tuğgeneral Şakir TANINDI'nın 1995 yılında emekliye ayrılmasıyla Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı Başkanlığı'na Prof.Tbp.Kd.Alb. Erdal GÖKÇAY atanmıştır. 30 Ağustos 1999'da Tuğgeneralliğe yükselen Prof.Tbp.Tuğgeneral Erdal GÖKÇAY tarafından, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı Başkanlığı 30 Ağustos 2005 tarihine kadar  yürütülmüştür.

Bu tarihten sonra Anabilimdalı Başkanlığına Dz.Tbp.Prof.Kd.Alb. Okan ÖZCAN atanmış olup halen bu görevi sürdürmektedir.

 GATA Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları AD'nda 2005 yılına kadar 12 profesör, 15 doçent, 9 müşavir uzman, 16 başasistan, 19 yardımcı doçent görev yapmıştır. Ayrıca 1957-2005 yılları arasında, Türk Silahlı Kuvvetlerine 144 adet Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Uzmanı yetiştirmiştir. 1981-1999 yılları arasında mezun olan 2000’den fazla pratisyen tabip Çocuk Sağ.ve Hst. AD'nda staj eğitimi görmüştür. Halen Askeri Tıp Fakültesi öğrencilerinin yanısıra Tıpta Uzmanlık Öğrencileri, Yandal Uzmanlık Öğrencileri, Hemşirelik Yüksek Okulu Öğrencilerine, Sağlık Astsubay Hazırlama Okulu Öğrencilerine ve Uzman Tabiplere eğitim verilmektedir.

  GATA Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları AD'nın şu ana kadar yurtiçi ve yurtdışı tıp dergilerinde yayınlanmış 400’den fazla makalesi mevcuttur.