Osmanlı tarihinde, Kırım Savaşı'na kadar infeksiyon hastalıkları ile ilgili herhangi bir atılıma rastlanmamaktadır. Bu savaşta çok sayıda asker ve sivilin tifo ve tifüs salgını nedeni ile kaybedilmesinden sonra bulaşıcı hastalıklar ile ilgili eksikliklerin farkına varılmış ve 1886 yılında Zoiros Paşa, özellikle kuduz ile ilgili çalışmalar yapmak üzere Paris'e gönderilmiştir. Dönüşünde Dr. Hüseyin Remzi Bey ile birlikte bir aşı laboratuvarı kuran Zoiros Paşa, burada kuduz ve çiçek aşılarının üretimine başlamıştır. 1893'de Dr. Nicole ilk Bakteriyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kliniği'ni kurmuş ve aynı dönemlerde tıbbiyede Hamdi Aziz Bey tarafından bakteriyoloji derslerine başlanmıştır.

Klinik, kuruluş yıllarında İç Hastalıkları Kliniği bünyesinde çalışmış, klinik sorumluluğuna 1898'de Prof. Dr. Robert Rieder getirilmiştir. Aynı dönemde klinikte Dr. Süleyman Numan, Prof. Dr. İbrahim Ethem ve Prof. Dr. Hamdi Suat beyler de çalışmış, sonraki yıllarda Prof. Dr. Süleyman Numan beyin idarecilik dönemi yaşanmıştır. 1908 yılından sonra Neşet Osman Bey tarafından idare edilen klinikte 1913'den sonra Abdulkadir NOYAN başasistan olarak görev almış, 1912'de Dr. Reşat Rıza (KOR) ve Dr. Mustafa Hilmi SAĞLAM tifo, kolera ve dizanteri aşıları üzerinde önemli çalışmalar yapmış, 1915'de tifüs aşısını elde etmeyi başarmışlardır. Sonraki yıllarda, 1926'ya kadar Dr. Hüsamettin KURAL tarafından yönetilen kliniğin, 1926'da Dr. K. Hüseyin PLEVNELİOĞLU' nun önerileri ile İç Hastalıkları Kliniği'nden ayrılmasına karar verilmiştir.