GATA Komutanlığı'nın idari yapısı şu şekildedir :

Komutan'a yönetimde yardımcı olan (Akademi Kurulu , Yönetim Kurulu , Yüksek Disiplin Kurulu , Komutan Bilimsel Yardımcılığı ve Komutan İdari Yardımcılığı) kurul ve üniteler ile ;

- Akademi Kurmay Başkanlığı

- Askeri Tıp Fakültesi Dekanlığı ve Eğitim Hastanesi Baştabipliği

- Haydarpaşa Eğitim Hastanesi Komutanlığı

- TSK Rehabilitasyon ve Bakım Merkezi Başkanlığı

- Sağlık Bilimleri Enstitüsü Müdürlüğü

- Öğrenci Grup Komutanlığı

- Hemşirelik ve Sağlık Meslek Yüksek Okulu Müdürlüğü

- Sağlık Astsubay Hazırlama ve Sınıf Okul Komutanlığı'ndan

oluşmaktadır.