GATA Komutanlığı ve Bağlı birimleri; Ankara , İstanbul ve Eskişehir'de bulunmaktadır.

Ankara'da :

GATA Komutanlığı Karargahı

Gülhane Askeri Tıp Fakültesi ve Eğitim Hastanesi

Sağlık Bilimleri Enstitüsü
      Araştırma Geliştirme Merkezi
       Biyomedikal Mühendislik Merkezi
       Diş Hekimliği Bilimleri Merkezi
       Eczacılık Bilimleri Merkezi
       Hava ve Uzay Hekimliği Merkezi
       Yüksek Lisans Doktora Planlama ve Koordinasyon Merkezi

Hemşirelik Meslek Yüksek Okulu

Sağlık Astsubay Meslek Yüksek Okulu

T.S.K. Rehabilitasyon ve Bakım Merkezi

İstanbul'da:
Haydarpaşa Eğitim Hastanesi

Eskişehir'de ise:
Hava Hastanesi içerisinde hizmet veren Hava ve Uzay Hekimliği Merkezi yer almaktadır.