GATA Komutanlığı ve Bağlı birimleri; Ankara , İstanbul ve Eskişehir'de bulunmaktadır.

Ankara'da GATA Kışlası içerisinde:
Gata Komutanlığı Karargahı
Gülhane Askeri Tıp Fakültesi ve Eğitim Hastanesi
Hemşirelik ve Sağlık Meslek Yüksek Okulu Müdürlüğü
Sağlık Astsubay Hazırlama ve Sınıf Okulu Komutanlığı
T.S.K. Rehabilitasyon ve Bakım Merkezi Başkanlığı

İstanbul'da:
Haydarpaşa Eğitim Hastanesi ile bu hastaneye bağlı olarak hizmet veren Çamlıca Göğüs Hastalıkları Hastanesi

Eskişehir'de ise:
Hava Hastanesi içerisinde hizmet veren Hava ve Uzay Hekimliği Merkez Başkanlığı yer almaktadır.